CWinApp - это базовый объект из которого получается объект(программа) для Windows. CWinApp отвечает за инициализацию и запуск приложения Windows. Все приложения MFC используют этот класс, который может быть включен только один раз. Ваш объект производный от CWinApp должен быть объявлен на глобальном уровне.

При создании своего класса необходимо перегрузить функцию InitInstance.

Дополнительно к этому классу MFC обеспечивает еще ряд функций.

AfxGetApp	Получает указатель, но объект CWinApp
AfxGetInstanceHandle	Получает HINSTANCE указатель на текущее приложение
AfxGetResourceHandle	Получает HINSTANCE на текущие ресурсы
AfxGetAppName	Получает указатель на строку с именем приложения

Объект CWinApp создается до создания окон. Этот класс создает поток выполнения Thread.

При использовании AppWizard генерируется класс производный от CWinApp и следующие функции в классе реализации:

• Карта сообщений
• Пустой конструктор класса
• Переменная, которая объявляет класс
• Стандартная инициализация в InitInstance

А вот самая маленькая программа, которая просто компилируется и запускается. Она создана как Win32 Application c подключением MFC и комментирование строки в stdafx.h

#define WIN32_LEAN_AND_MEAN		// Exclude rarely-used stuff from Windows headers
//#include 
// TODO: reference additional headers your program requires here

А вот и код. Как видите WinMain был благополучно устранен.

// Test.cpp : Defines the entry point for the application.
//

#include "stdafx.h"
#include "afxwin.h"

class CMyApp: public CWinApp
{
};

CMyApp theApp;

Функция InitInstance обязательно вызовется для того, чтобы создать окно. Проверим ???

// Test.cpp : Defines the entry point for the application.
//

#include "stdafx.h"
#include "afxwin.h"

class CMyApp: public CWinApp
{
public:
	virtual BOOL InitInstance();
};

BOOL CMyApp::InitInstance()
{
	MessageBeep(-1);
	return TRUE;
}

CMyApp theApp;

Комп бибикнет во время выполнения.